De kerndoelen, referentiekaders (taal en rekenen) en de eindtermen van het voortgezet onderwijs zijn het minimale aan kennis en vaardigheden die de leerlingen op Agora verwerven. Door de manier van werken maken kinderen zich echter veel meer kennis, of liever, expertise eigen dan formeel voorgeschreven. De eerste jaren leren leerlingen zichzelf ontdekken en ook hoe zij het beste leren.
Leerlingen werken vanuit een zelf gekozen uitdaging (bij Agora wordt dat een ‘challenge’ genoemd) en stellen doelen waaraan deze moeten voldoen. Hieraan worden de vijf werelden van Agora (maatschappelijk, wetenschappelijk, artistiek, sociaal-ethisch en spiritueel) gekoppeld. Zo leert een leerling zoveel mogelijk van de wereld om zich heen.